中医的病因学说非常简单，可以概括为“三因说”：内因、外因、不内外因。
　　所谓外因，即认为天地之间存在风、寒、暑、湿、燥、火“六气”，当某种“气”太过，或出现在不应出现之时，便是“淫”（不正之邪）。这些“邪气”侵犯人体，造成的即是“外感”之疾。如果在天气炎热之际，出现感冒恶寒等冬季“感受寒邪”才会有的症状；或冬季出现高烧等应该是夏季感受“热邪”才会有的症状，则称为“伏邪”——冬季感寒、夏季受热，潜伏体内，过时而发。
　　在中医中，“外感”疾患的范围非常大，代表外感之疾总称的“伤寒”，在历代医学分科中经常作为一个独立分科存在，在许多大型综合性医学著作中也都位居其首。这一现象的产生，除了与中医病因学分类上的相对单一有关，也与中医对许多病因的判断有关。
　　例如，自然规律是水湿之气在地下，中医因而认为“脚气”（维生素B1缺乏症，以两脚疲软为主要症状）是因脚受水湿之气所致；当维生素B1缺乏引起心肌炎时，中医则名之曰“脚气冲心”。有意思的是，中医认为既然病因是地下的水湿之气入侵人体，所以不应该吃生长在水中的稻米，而应改吃旱地生长的小麦，这种基于类比思维的治疗方法却“暗合”了精制白米缺乏维生素B1、面食富含维生素B1的近代自然科学知识。又由于古代根本无法区分究竟哪种脚软、行动障碍的疾患是由维生素B1缺乏所引起，所以关节疾患、小儿麻痹等症经常混同在“脚气”中。如此这般，很多疾病都被“错误”地划入了“外感”之列。
　　由此可以看出，从外表看，古代的许多病名带有“病因诊断”的味道，但实际上是“症状诊断”——根据症状推测原因、确定病名。加上病因认识原本就古今不同，所以要想界定古代的某种疾患相当于现代某一病名，与其说是十分困难，毋宁说是根本不可能。
　　对于外感病的认识，在明末清初之际获得了一次突破性的进展。大约生活于16世纪80年代至17世纪60年代的医家吴有性，认真观察瘟疫流行情况，总结出这样一条规律：外感之疾未必都是“六淫”之邪侵犯肌肤所致，天地间当别有一种“疠气”自口鼻而入；“疠气”之质必当有所不同，所以才会鸡病畜不病，人病鸡不病；如果能弄清各种“疠气”的本质，则必有一物能克之，不用君臣佐使、辨证施治之劳。
　　不妨设想一下，如果吴有性能够看到19世纪以来现代西医对于致病微生物的认识，以及采用抗生素等治疗手段，他很可能会认为自己所代表的中医与西医并无本质区别。然而，真正的区别并不在于叫“疠气”还是“致病微生物”，关键是吴有性的认识仍然是源于格物穷理式的逻辑思辨，而不是现代西医的实证科学。
　　其后，在人口密度增大、传染病随之增多的江南地区，出现了叶天士（1667—1746）等一批有所建树的“温病学家”。他们的主要特点是，以“卫、气、营、血”和“上、中、下三焦”取代“六经辨证”；用桑叶、菊花、银花、连翘等辛凉之药取代麻黄、桂枝等辛热之药。尽管温病学派在理论与治疗方面均突破了《伤寒论》的制约，但其本质上却是与《伤寒论》一脉相承的，这与被称为温病（瘟病）学先驱的吴有性截然不同。这便是“传统”的力量。
　　中医所言的内因包括七情六欲、饮食劳倦、房室不节等，这方面有两点值得注意。一是在中庸之道、阴阳平衡观念指导下的健康生活标准。中医强调运动与节欲有利健康长寿，但绝不提倡苦行和禁欲，鳏寡孤独被认为是造成某些身心疾患的重要原因。二是中国传统医学在五行学说的统摄下，人的精神情感与五脏形成了密切的配属关系。这种精神与肉体一元化的观念，使得精神疾患亦被视为躯体疾患的一部分，或者说是躯体疾患的某种症状表现——例如认为因心气有余则喜笑不休，心气不足则悲伤好哭。其治疗方法自然同样是针灸与药物，甚至包括一些心理疗法。而在西方，直到18世纪末之前，精神病患者一直被视为罪犯或“受魔鬼支配的人”，锁在笼子中并时时拿来展览，治疗方法则是鞭笞驱魔、每天冷水沐浴三百次。
　　将饮食劳倦提高到理论层面，予以特别重视的是金元四大医家之一的李杲。他曾写过《内外伤辨惑论》，专门讨论某些形似外感，实为内伤，需要通过调理脾胃加以治疗的疾患。又撰写《脾胃论》，申明胃气即是“元气”，创制了升阳益胃汤、补中益气汤等一系列至今仍被广泛应用的著名方剂。
　　不内外因通常是指创伤、虫兽、中毒、遗传等因素造成的疾病，不是中医理论研究的重点。