分科，是医学进步的重要标志之一。有史可考的中医学分科，始见于《周礼》，称宫廷医生分为食医（饮食管理）、疾医（内科）、疡医（外科）、兽医。宋代细分为九，金代增至十，元、明两代均分为十三科。中央政权的官医分科化设置，实质上体现了该时代各分支领域独立进步的客观状况。例如骨伤治疗历来属外科治疗范畴，但当被称为“中国骨科奠基人”的唐代蔺道人完成《仙授理伤续断秘方》（约成书于846年）后，整复、固定与活动相结合的骨折治疗原则基本确立，此后骨折治疗大有进步，至宋初王怀隐（约925—997）等编《太平圣惠方》时，已列有“折伤门”，相应地宋代太医局的分科亦将“疡科”改为“疮肿兼折伤门”。至元代，更明令规定为医者必须于十三科中精通一科，否则不得行医。
　　然而中国传统医学“整体观”的基本特点，又决定了这种分科的相对性。在很多情况下，中医都表现出一种内外兼治的特点。
　　中医的“外科”，实际上主要是以治疗疮痈等皮肤疾患为主，并不具备近代西方医学中“外科”（surgery）以手术方法治疗疾病的内涵。金元以降，内外兼治的原则在中医外科中贯彻得更加具体、深入。又如骨科，由于始终采取内治与外治相结合，大大提高了创伤的愈合速度。特别是在身体状况较差、断裂处骨痂生长缓慢时，尤其能够显示中医内外结合治疗原则的优越性。
　　中医的妇科、儿科、口齿、咽喉等科，虽各有特点，但与内科又实无明显界限。从好的方面讲，西方近代医学的妇科实际上唯在诊断与切除生殖系统肿瘤等方面显示出外科手术法的长处，而在调整因植物神经、内分泌系统紊乱引起的许多功能性妇科疾患方面，中国传统医学的针灸、药物等整体疗法却具有方法多样、疗效明显稳定持久等多方面的优势。但从另一方面讲，传统中医过于依赖药物、过于注重内治，又妨碍了外科手术疗法及产科在中国的独立发展。